| 藻类过滤器
许多藻类不只是非常美丽、具有吸引力，而且也是十分有效的过滤器。在良好的环境下，它们会繁殖得非常茂盛，大量蔓生的枝叶会使所有的无脊椎动物都窒息而死。尤其是蕨藻科的葡萄藤会将根伸入珊瑚中，使它们无法充分地自然成长。
可以将藻类放在一个小型的附属水族箱里，它的容量可与水族箱是一样大，或至少要有水族箱容量的10%到20%，这种藻类过滤器通常放在较低的位置，底层覆盖一层珊瑚沙和碎贝壳。将未过滤的水首先流进藻类过滤器，然后再进入真正的过滤系统。
因为藻类过滤器并不能清除水中的微细物质，只能进行一些生物性的分解工作，例如：主动地参与氮化合物、碳酸盐和硝酸盐等的分解过程。藻类过滤器也必须接受强光照射，但此处适用的照明原则与一般水族箱大不相同，藻类过滤器每天至少要光照14到16小时。
在维护藻类过滤器的时候，必须特别注意：避免它们繁殖过剩，导致过度膨胀的生长密度，因而使所有藻类突然死亡，这种藻类的“自身调节”对于水族箱的水质而言，是一场严重的大灾难。
在强光下，藻类过滤器会使pH值上升到8.6至8.8之间，此时必须加入二氧化碳来调节pH值，以避免这种状况发生。
在夜间，藻类会消耗大量的氧气，而且释放出二氧化碳。所以夜晚时pH值会降到7.5或7.4，这对于无脊椎动物和鱼类似乎不会造成任何危险，只要碳酸盐硬度维持在7o到9odH之间，就不需要加入任何人工合成的缓冲物质。
为了使藻类过滤器能维持适当的功能，铁含量必须保持0.01mg/l。
原则上，所有的线藻都很合适作为藻类过滤器。
动力过滤器
“动力过滤器”是指悬挂在水族箱上部或装置在水族箱以外的外部过滤器。水族箱内的水始终在过滤器里循环，其中的污染物质就会在过滤器中逐渐被分解。不含污染物质的水离开过滤器后，过滤材质中的污染物质浓度会逐渐地升高，在此同时细菌也同样在过滤器中进行分解，因此它参与了有机物质的整个分解过程。由于这些细菌属于好氧性细菌，所以这类过滤器都需要大量的氧气，故又被视为氧气的陷阱。附有回转式马达的动力过滤器，循环速率较快，因此较为有效和可靠。
但所有的动力过滤器都有一个严重的缺点。如果是将动力过滤器放在封闭的系统中，极有可能发生氧气供应不足的问题。这种情况常常发生在动力被切断或是因技术问题而使得水供应（氧气运输）中断数小时之久。在这段时间内，好氧性细菌会因缺氧而死亡，而过滤器在4到5小时之内就会变成“有毒的炸弹”。当重新启动时，会将它所酿造的有毒物质排放到水族箱中，对鱼类和无脊椎动物都会造成严重的危害。所以在动力切断或发生技术问题时，如果持续2到3小时，就必须更换过滤器中的所有内容物。
在更换过滤材质时，在过滤器中保留10%的份量，这样做的目的是要浸透更换的材质。然而，因为动力过滤器通常都太小了，所以可不必理会这一点。在水族箱中的每一个地方，例如玻璃、装饰物、导管和沙中都有好氧性细菌的存在，只要水流重新注入，它们就可以立刻生长在新更换的材质之中。
水流必须尽可能快速地流经过滤器，也就是说，水族箱中的水在1小时内至少必须通过过滤器1到2次。只有利用这种方式，才可以籍助过滤器和水流达到持续而安全的氧气运输。
三、过滤材质
过滤棉：过滤棉必须是人工合成的材料，绝对不可使用玻璃纤维、棉花或羊毛。如果结构稳定的话，尼龙棉非常适合装在过滤层里。但因尼龙棉无法再生，所以必须经常更换。
海绵：它们的表面区域广大，使得好氧性细菌可以很舒适地生长在其中。利用海绵过滤时只有顶层会因有细菌的存在而能净化水质，所以使用于过滤器中的海绵不可以加以挤压。另外，还应该使用浅色的过滤海绵，这样才可以从表面察觉污染和泥泞的存在。
珊瑚沙、碎珊瑚和碎贝壳：这些材料通常用在稳定pH值或增加水族箱中的碳酸盐硬度的时候使用。但碳酸钙或缓冲物质只能在pH值小于7的环境中才能溶解，所以上述材质只能用在水族箱中的机械式过滤中，除非能供应二氧化碳，特别是在使用珊瑚沙的情况下（表面区域较大）才可以使过滤器中的pH值降低，缓冲物质也才能够溶解，碳酸盐硬度也才会随之增加。
生物球：由生物球的本质上来说属于开放式，所以在过滤器突然终止时不必担心有中毒的危险，而且也不必清理过滤器。然而，过滤器中的塑料板必须籍着有效的预过滤器材质来加以保护，以避免被较大的藻类给阻塞住。
活性碳：海洋鱼类养殖中最重要的过滤材质就是活性炭，因为没有任何过滤系统、细菌或秘诀可以清除海水中因尿液和氨基酸所产生的黄色物质，而只有好的活性炭才可以做到。好的活性炭应具有下列的性质：维持中性的pH值；粉状或颗粒状的形式；具有广大的表面积；完全无尘；易于除去气体；处理时可配合使用网袋。
四、砂石过滤器
砂石过滤器指在水族箱中的砂石或珊瑚纱结合之过滤系统。由气泵或回转式抽水机将水吸入，籍着这种方式，使水进入另一个正式过滤或预过滤的系统，然后再回到水族箱中。砂石过滤器也经常单独使用，如此过滤器所吸入的水就不必经过更进一步的处理，这个系统的重点在于清除底部的有机物质。由于水流总是朝向最容易通过的地方，所以在这些地方的总出水量通常都十分的高，因此氧气可以充分地供应，而好氧性细菌的族群也会出现在这一层中，而底层的有机物质就会被氧化或者更快地被分解。大多数的系统在8到16个月之后就会出现阻塞，而停止其功能，此时就必须更换整个水族箱的底层，这就是砂石过滤器的缺点。 | 
