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蛇的身体细长，呈圆形，四肢退化，不具肩带和胸骨，周身有鳞片覆盖。其身体结构可分为头部、躯干部和尾部。头部小与身躯、较扁，颈部较身躯细，尾部长或侧扁或呈短柱状。
蛇的四肢全部退化，依靠肋骨扭动作“s”状运动。头部吻端有2个鼻孔，但无嗅觉，只具有呼吸功能。头上有1对眼，没有上、下眼睑和瞬膜，仅有一层透明的膜，视力较差，很难看见一米以外的物体，它没有耳壳，但具有发达的内耳和 听骨。
蛇没有味觉功能，但依靠舌的不停伸缩，可以把空气中的化学物质粘附在舌面上，送进位于口腔顶部的助鼻器而产生味觉。
蛇左、右下颌前端以韧带连接，方骨可活动，口能张大至130度，舌末端分叉，伸缩性强。
蛇类表面披着细小的鳞片，陆生和树硒种类的蛇，其腹面有一列特别大的鳞片，称为腹鳞，呈覆瓦状排列，能作前后运动，是陆生和树硒种类蛇爬行的主要工具。
生活在海洋中的海蛇，它们不需要有大型的腹鳞，主要是靠侧扁的尾巴摆动来推动身体前进的。
蛇体由于生发层细胞的不断分裂，形成一种新的生活细胞层和角质层，在酶的作用下，旧的生活细胞被溶解，旧的表皮角质层能与新生的细胞层分离开来，常需借助环境中的石块或树枝等物，把上下额的表皮磨开，并逐步向后翻脱。蛇每年都需蜕皮3~8次。
在蛇的蜕皮期，其动作缓慢迟钝，很容易被捕捉住。
蛇的嗅觉比较灵敏，它的舌细而长，尖端分叉。舌体由左向右、背腹向、斜向等横纹肌组成。横纹肌内有丰富的纤维分布其中，因而能不断的伸缩，舌尖十分灵活。
蛇有喜欢腥味而厌恶芳香气味的习性，所以它对有浓郁芳香气味的药物如雄黄等很敏感，因而这类药物具有驱蛇作用。
有些毒蛇如五步蛇，它的颊部部有1对颊窝，称为热测位器，对红外线特别敏感。这种器官位于头部两侧外鼻孔与眼睛之间，其中三角形凹陷的内膜上有一层10~15微米厚的薄膜，膜上密布从三叉神经分支而来的神经末梢。当外界温度产生变化时，可通过神经末梢及三叉神经传导到中枢，就会产生温差的感觉。如果五步蛇周围有青蛙或鼠类等动物活动时，五步蛇不仅能察觉出来，而且能确定这个动物的位置，接着就进行追踪搜寻并将其捕获、吞食。因而，颊窝是一种有助于蛇类觅食的特殊器官，这种特殊器官更有助于蛇在夜间觅事。
据研究，五步蛇之所以具有扑火的习性，也与它的颊窝上的热测位器有密切关系。
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